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Gene and Protein Information ![]() |
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Species | TM | AA | Chromosomal Location | Gene Symbol | Gene Name | Reference |
SARS-CoV-2 | - | 306 | ||||
SARS-CoV | - | 306 | ||||
Gene and Protein Information Comments | ||||||
The SARS-CoV main protease (Mpro) is a 306 amino acid cysteine protease that is encoded in the viral RNA replicase gene. It is amino acids 3241-3546 of the full length SARS-CoV polyprotein (3919 amino acids). The SARS-CoV-2 Mpro is also 306 amino acids. The provisional RefSeq YP_009725301 has been allocated to SARS-CoV-2 M |
Previous and Unofficial Names ![]() |
3c-like proteinase | SARS-CoV-2 Mpro | Chain A, 3c-like Proteinase | 3CL protease | Mpro | nsp5 |
Database Links ![]() |
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ChEMBL Target | CHEMBL3927 (SARS-CoV) |
RefSeq Protein | |
UniProtKB | P0C6U8 (SARS-CoV) |
Selected 3D Structures ![]() |
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Download all structure-activity data for this target as a CSV file
Inhibitors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Inhibitor Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRD_002214 (N3) inhibits SARS-CoV-2 plaque formation in Vero cell culture with an IC50 of 16.77 μM [6]. The MERS-CoV inhibitor compound 11r [PMID: 32045235] is active against SARS-CoV-2 [15]. |
General Comments |
The coronavirus (CoV) main proteases (Mpro) are cysteine proteases that are encoded in the viral RNA replicase gene. Mpro catalyses the proteolytic processing (cleavage) of replicase precursor polyproteins in to discrete functional proteins. In total There are 11 Mpro cleavage site within the C-terminus of the replicase polyprotein. Mpro plays a central role in the viral life cycle, and in light of evidence from other coronaviruses, SARS-CoV Mpro was a lead target for antiviral drug discovery. Many of the compounds that were discovered to inhibit the activity of MERS- and SARS-CoV Mpro enzymes have been tested for activity against SARS-CoV-2 [11]. Although Mpro is strictly a component of the CoV replicase polyprotein(s) 1a and 1ab, we have included it as a separate entity to allow us to more sensibly curate pharmacological information (particularly regarding inhibitor development) that is specific for this protease, and to facilitate data retrieval. |
1. Anson BJ, Chapman ME, Lendy EK, Pshenychnyi S, D’Aquila RT, Satchell KJF, Mesecar AD. (2020) Broad-spectrum inhibition of coronavirus main and papain-like proteases by HCV drugs. Nature Research, PrePrint, Under Review. DOI: 10.21203/rs.3.rs-26344/v1
2. Chuck CP, Chen C, Ke Z, Wan DC, Chow HF, Wong KB. (2013) Design, synthesis and crystallographic analysis of nitrile-based broad-spectrum peptidomimetic inhibitors for coronavirus 3C-like proteases. Eur J Med Chem, 59: 1-6. [PMID:23202846]
3. Dai W, Zhang B, Jiang XM, Su H, Li J, Zhao Y, Xie X, Jin Z, Peng J, Liu F et al.. (2020) Structure-based design of antiviral drug candidates targeting the SARS-CoV-2 main protease. Science, 368 (6497): 1331-1335. [PMID:32321856]
4. Ghosh AK, Gong G, Grum-Tokars V, Mulhearn DC, Baker SC, Coughlin M, Prabhakar BS, Sleeman K, Johnson ME, Mesecar AD. (2008) Design, synthesis and antiviral efficacy of a series of potent chloropyridyl ester-derived SARS-CoV 3CLpro inhibitors. Bioorg. Med. Chem. Lett., 18 (20): 5684-8. [PMID:18796354]
5. Hoffman R, Kania RS, Brothers MA, Davies JF, Ferre RA, Gajiwala KS, He M, Hogan RJ, Kozminski K, Li LY et al.. (2020) The Discovery of Ketone-Based Covalent Inhibitors of Coronavirus 3CL Proteases for the Potential Therapeutic Treatment of COVID-19. ChemRxiv, Preprint. DOI: 10.26434/chemrxiv.12631496.v1
6. Jin Z, Du X, Xu Y, Deng Y, Liu M, Zhang B, Li X, Zhang L, Peng C, Duan Y. (2020) Structure of Mpro from COVID-19 virus and discovery of its inhibitors. bioRxiv, Preprint. DOI: 10.1101/2020.02.26.964882
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8. Ma C, Sacco MD, Hurst B,Townsend JA, Hu Y, Szeto T, Zhang X, Tarbet B, Marty MT, Y Chen Y, Wang J. (2020) Boceprevir, GC-376, and calpain inhibitors II, XII inhibit SARS-CoV-2 viral replication by targeting the viral main protease. bioRxiv, PrePrint. DOI: 10.1101/2020.04.20.051581
9. PostEra AI. MPro Activity Data. Accessed on 11/08/2020. Modified on 11/08/2020. postera.ai/covid/activity_data, https://postera.ai/covid/activity_data
10. Rathnayake AD, Zheng J, Kim Y, Perera KD, Mackin S, Meyerholz DK, Kashipathy MM, Battaile KP, Lovell S, Perlman S et al.. (2020) 3C-like protease inhibitors block coronavirus replication in vitro and improve survival in MERS-CoV-infected mice. Sci Transl Med, 12 (557). DOI: 10.1126/scitranslmed.abc5332 [PMID:32747425]
11. Riva L, Yuan S, Yin X, Martin-Sancho L, Matsunaga N, Pache L, Burgstaller-Muehlbacher S, De Jesus PD, Teriete P, Hull MV et al.. (2020) Discovery of SARS-CoV-2 antiviral drugs through large-scale compound repurposing. Nature, [Epub ahead of print]. DOI: 10.1038/s41586-020-2577-1
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17. Zhang L, Lin D, Sun X, Curth U, Drosten C, Sauerhering L, Becker S, Rox K, Hilgenfeld R. (2020) Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors. Science, 368 (6489): 409-412. [PMID:32198291]
18. Zhu W, Xu M, Chen CZ, Guo H, Shen M, Hu X, Shinn P, Klumpp-Thomas C, Michael SG, Zheng W. (2020) Identification of SARS-CoV-2 3CL Protease Inhibitors by a Quantitative High-throughput Screening. ACS Pharmacol. Transl. Sci., [Epub ahead of print]. DOI: 10.1021/acsptsci.0c00108